大家都知道过流紫外线消毒器里面是安装有石英套管的，时间长了会有水垢或是污垢附着在表面，所以需要定期的清洗，才能确保过流紫外线消毒器的杀菌消毒效果。

       在过流紫外线消毒器自动清洗装置刚发明的时候是单纯机械式的自动清洗的方式，可是纯机械式清洗装置需要十分钟至三十分钟一次频繁的来回刮净石英套管来减弱表面污垢的累积，这种情况下过流紫外线消毒器清洗头磨损会很快，而且寿命很短，普遍6个月到1年就需要进行更换，对过流紫外线消毒器维护人员要求及清洗成本比较高;若是化学式加机械式自动清洗一天清洗一次，相对清洗效果会比较好。

       90年代中叶，人们发明了化学式加机械式自动清洗系统,并且运用到污水过流紫外线消毒器中，发现清洗效果很好。一般使用的清洗剂是磷酸，会进入污水处理系统，可因为其用量少，不会形成二次污染。在排放标准严格的北美地区的污水再生利用消毒处理中，过流紫外线消毒器机械加化学式自动清洗方式被广泛使用，没有发生不良影响。为了适应更高的需求，自然我们也可以使用食品级的清洗剂来进行清洗。